Khu công nghiệp Bờ Y được quy hoạch tại Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Bờ Y với diện tích 815,4 ha; phía Bắc giáp Đường quy hoạch N5, phía Nam giáp Công viên rừng thành phố, phía Đông giáp Dự án đường vào Khu công nghiệp, phía Tây giáp Khu 1 - Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Bờ Y.

Được xác định là Khu công nghiệp tập trung, đa ngành, định hướng phát triển các nhóm ngành công nghiệp tận dụng nguồn nguyên liệu tại chỗ, ưu tiên các loại hình doanh nghiệp nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ trong chế biến và phát triển vùng nguyên liệu. Xây dựng các nhà máy, xí nghiệp có quy mô lớn, vừa và nhỏ có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường, bao gồm các loại hình công nghiệp như: Công nghiệp nông lâm sản, công nghiệp thực phẩm, công nghiệp công nghệ sinh học, công nghiệp cơ khí, tiểu thủ công nghiệp…

Khu công nghiệp được tổ chức, phát triển không gian kiến trúc dựa trên tuyến trục chính từ Đông sang Tây. Tại khu vực phía Tây tiếp giáp tuyến đường NT18 là lối vào chính của Khu công nghiệp, tại đây tổ chức quy hoạch các công trình công cộng, dịch vụ và các khu ở công nhân phục vụ cho Khu công nghiệp; ngoài ra tại phía Đông, thiết kế quy hoạch 01 tuyến giao thông đấu nối từ Quốc lộ 40 vào Khu công nghiệp. Các loại hình công nghiệp (lâm sản, thực phẩm, công nghệ sinh học…) được bố trí dọc theo tuyến đường trục chính, đảm bảo cho việc kết nối giao thông từ các nhà máy xí nghiệp với các khu chức năng khác trong Khu công nghiệp.