Phó trưởng ban thường trực là Giám đốc Sở Công Thương; các Phó Trưởng ban là đại diện lãnh đạo Sở Tài chính, Công an tỉnh, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh.

Ban Chỉ đạo 389 tỉnh Kon Tum có nhiệm vụ:

- Giúp Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh chỉ đạo và tổ chức phối hợp giữa các sở, ban, ngành, UBND các huyện, thành phố trong công tác đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả trên địa bàn tỉnh.

- Xây dựng chương trình, kế hoạch chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả của tỉnh trong từng thời kỳ hoặc đột xuất khi có vấn đề, vụ việc phức tạp, nghiêm trọng.

- Đề xuất cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan nhằm nâng cao hiệu quả công tác đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả.

- Đề nghị khen thưởng đối với tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc trong hoạt động chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; chỉ đạo xử lý tập thể, cá nhân có dấu hiệu bao che, bảo kê, tiếp tay cho buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả.

- Tổng hợp tình hình, đánh giá kết quả hoạt động chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả trên địa bàn tỉnh định kỳ và theo chuyên đề; báo cáo Uỷ ban nhân dân tỉnh kiến nghị với Thủ tướng Chính phủ, Ban chỉ đạo 389 quốc gia về các chủ trương, biện pháp nhằm nâng cao hiệu quả trong hoạt động chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả.

- Phối hợp với Đài Phát thanh - Truyền hình tỉnh và các cơ quan thông tấn, báo chí xây dựng chương trình, kế hoạch tuyên truyền về chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả trên địa bàn tỉnh.

- Thực hiện các nhiệm vụ khác do Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh giao.